Ingenieur·e de Recherche en Bioinformatique - Istct H/F - 14

Présentation de l'unité de recherche :

L'unité ISTCT « Imagerie et Stratégies Thérapeutiques pour les Cancers et Tissus Cérébraux », UMR6030 est une unité mixte de recherche du CNRS et de l'Université de Caen-Normandie (UNICAEN) hébergée au GIP CYCERON à Caen.

Les activités de recherche d'ISTCT visent à mieux comprendre la physiopathologie des tumeurs hypoxiques (cerveau-poumon) et identifier de nouvelles stratégies thérapeutiques ciblant la tumeur et son microenvironnement mais aussi à protéger le tissu sain environnant des traitements anti-cancéreux tels que la radiothérapie.Positionnement hiérarchique :

Sous la responsabilité du Dr Aurélien JUSTET, MCU-PH (n+1) et la direction unité (Dir. Myriam BERNAUDIN, Dir Adj. Samuel VALABLE).

Missions :

Dans le cadre des activités de recherche du projet SOMAFIBRAD porté par A. JUSTET au sein de lunité ISTCT, le/la bioinformaticien(ne) participera à un projet visant à analyser et intégrer des données transcriptomique et génomique en vue d'identifier les mutations somatiques associées à l'existences de populations cellulaires impliquées dqns la fibrogenèse pulmonaire.

Activités principales du poste :

- Définition et mise en oeuvre le protocole d'analyse de données biologiques : traitement, nettoyage et normalisation de données issues d'analyse transcriptomique à noyaux unique
- Identification de mutations somatiques à partir du pipeline GATK mise en place par le broadInstitute
- Développement de pipelines reproductibles : création et maintenance de workflows d'analyse sous R/Python
- Interaction avec l'équipe-projet : échanges réguliers avec biologistes, cliniciens et biostatisticiens ; participation aux réunions de projet et des collaborateurs internationaux (Yale University,Univeriste d' Hannovre)
- Diffusion et valorisation des résultats et réalisations technologiques sous forme de communication scientifique et préparation de figures, rapports, documentation, contributions aux publications.
- Gestion des données : organisation, documentation et archivage des données selon les bonnes pratiques en recherche (PGD, FAIR, traçabilité).
- Veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité
- Formation, en interne (ex Doctorants, post-doctorants) et en externe, aux principes et à la mise en oeuvre des techniques citées précédemment.